Es el cantón más antiguo de la Provincia del Napo, pues se remota a época de la colonia en que tenia la categoría de Gobernación. Su creación oficial data desde el 17 de enero de 1955.
El Cantón Quijos es un monumento histórico, porque por allí se inicio la conquista de los Españoles en busca del preciado Dorado.
Los Quijos constituían una de las tribus indígenas más bravías y que mayor oposición presentaron a la conquista española. Surgen los nombres de los Caciques Beto, Guarní e Imbate que bajo el mando de Jumandy, ofrendaron sus vidas en defensa de sus territorios.